李太后听说这件事后，当即上门惩罚朱翊钧，命他跪在祖宗的排位前思过，直到他肯承认过错才罢休。
某次，朱翊钧受身边的太监挑唆，将太监冯保的两个养子打成重伤。次日，太监冯保找到李太后，一把鼻涕一把泪地请求太后做主。李太后听完了来龙去脉后，气得浑身发抖，换上一身青布长袍，要召见百官上朝，当众废了无道昏君。
朱翊钧殴打了太监之后，本已心生悔意，听说母亲要因此废了自己，连忙跑到李太后面前谢罪，跪在地上涕泪横流，发誓改过，这才获得母亲的谅解。也正因为朱翊钧有这样一位好母亲，才让他能够健康成长，没有做出什么顽劣不堪的事来。
隆庆六年，穆宗一病不起，临终前，将十岁的儿子朱翊钧叫到病榻前，将他托付给太傅张居正、大学士高拱和太监冯保，并留下遗诏：命朱翊钧在继位后要励精图治，举贤使能，国家大事一定要与三位辅臣商量。穆宗临终托孤，对万历朝的发展产生了深远的影响。
