在朱翊钧登基之后，对待两位皇太后依旧如故，对两位母亲毕恭毕敬，极尽孝道，时人都说：朱翊钧的孝顺在古今帝王中是不多见的。因为朱翊钧这孩子从小就与众不同，所以，穆宗将所有希望都寄托在朱翊钧身上，对其寄予厚望。在穆宗眼中，东宫太子自然要比其他皇子接受更好的教育，所以，穆宗将教育太子的重任托付给张居正，让他来培养帝国的继承人。
朱翊钧对老师十分敬重，从不自恃身份直呼其名，尊称张居正为"先生"。哪怕在登基之后，朱翊钧贵为一国之君，在诏书中提到张居正时都会避其姓名，改称"首辅"。值得一提的是，朱翊钧的母亲李妃对儿子的成长起到了积极作用。李妃从不过度溺爱儿子，而是以严格的要求约束朱翊钧的言行，无时无刻不再关注儿子的成长。
史料记载：每当朱翊钧念书时，李妃总会在旁边陪读，监督儿子的学业。每当朱翊钧犯困打盹时，李妃会立即让他跪下反省错误。朱翊钧登基之后，李太后每天五更准时起床，亲自去寝宫叫醒儿子。
某日，朱翊钧在饮宴中喝高了，回到寝宫后，命令身边的小太监唱歌助兴。小太监不会唱歌，朱翊钧一气之下竟要砍死太监泄愤。最终，在宫人的劝说下，天性本善的朱翊钧并未对可怜的太监痛下杀手，只是将他的头发割掉以示惩罚。
