最开始，以金圣叹为首的十八个文人在南京的三山街被执刑。而在《辛丑纪闻》中，对这一件事的，有过记载："俄尔炮声一震，一百二十一人皆毙死"。可以说，在这个记载中，因为这一场"哭庙案"而丢了性命的人，不在少数。
有人说，之所以在清朝发生了这样的一件事，那都是因为清朝并不懂江南的风俗。但实际上，这样的说法是有为清朝开脱的嫌疑。因为，即便是朝廷了解了这个风俗，也还是会进行另外的镇压手段。因为按照清朝前期的统治，那这样的现象是一定会出现的，只不过是早还是晚的区别。
也难怪在很多的心中，都认为这一起哭庙案是正式割裂满清和大明的一个标志性的事件。而这场镇压性的案件，也因为有金圣叹的存在，备受关注。有人说金圣叹之所以会牵连进这样的事件，是很冤枉的。据说，当时在最开始被抓的文人中，是没有金圣叹的，但之后，官员为了顺便解决这个一直看不惯他们的金圣叹，这才让金圣叹有了这次的危机。
