当时起义军接连受到孙传庭镇压，崇祯帝自我感觉良好，认为起义军已几乎被平定，于是召孙传庭进京受封。谁知孙传庭刚入京，就被诬陷下狱了，怎么回事呢？
原来，朝中的主和派杨嗣昌，以及中官高起潜，都与主战派的孙传庭有矛盾。听闻崇祯打算封赏孙传庭，他们便着急了，怂恿崇祯不准其进京朝见。不仅如此，杨嗣昌还提议让洪承畴入京受封，最后洪承畴被升任为蓟辽总督，杨嗣昌又提议让陕西军全部留下，用于蓟辽守卫。
这下把孙传庭气得够呛，自己功劳这么大，不能进京受封就算了，还想让陕西军全部用于蓟辽守卫。于是他上书提出："秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。"可想而知，杨嗣昌根本没有理会他，孙传庭心中郁结难舒，以致耳聋。
后来，孙传庭又请求入京朝见，仍然遭到杨嗣昌的阻挠。这次他一气之下，便引病告休。谁知杨嗣昌还是不肯放过他，还称孙传庭是借病推托责任。崇祯帝一听大怒，随即下令将孙传庭贬为平民，然后将其囚禁。
