陕甘总督管辖陕西和甘肃两省，晚清新疆建省后，又兼顾新疆。此外青海各部虽属于青海蒙古八旗，但是管辖的西宁办事大臣一直隶属于甘肃的区域内，陕甘总督有时候还得照顾青海，这样陕甘总督成了清朝管辖区域最大的总督，直接间接的管辖了陕西甘肃新疆青海四个地方。陕甘同时也是清朝内陆边防最严峻的地区，战事也最多，驻军也最多，所以总督之任者十分注重其军政能力。有名者如尹继善、黄廷贵、福康安、杨遇春、林则徐、邓廷桢、左宗棠、杨昌浚、谭钟麟、升允、长庚等。
云贵总督管辖云南和贵州两省，云贵总督估计是全国海拔最高的管辖地域了。云贵境内的民族十分多，而且还与缅甸和云南接壤。既要处理境内的苗疆民族事务，又要注意边境防务，有时候还得照料滇西北的藏区事务，而且距离京师遥远，路途艰难，云贵总督也恐怕是全国最难的总督了。有名者如鄂善、赵良栋、鄂尔泰、蒋廷锡、尹继善、吴达善、李侍尧、明瑞、鄂辉、岑毓英、王文韶、岑春煊、李经羲等。
东三省总督管辖黑吉辽三省，是最年轻的总督。东三省一直是清朝的发源地和老家，长期以来被处于封禁的状态。晚清最后几十年，东北边防危机一日甚过一日。外东北百万国土被割让，十年内遭遇两场大战，险些被沙俄割走。痛定思痛之后于1907年建省设立总督。三任总督分别是徐世昌、锡良、赵尔巽。
但是晚清最后几年，清政府欲加强中央集权和皇室权威，开始大量重用满蒙皇室亲贵，排斥汉族武装集团及其接班人后代，但这触动了已经在地方经营几十年的汉族士绅的利益，一定程度上汉族武装和士绅的不支持也导致了清政府的灭亡。
