清朝的总督承袭明制，在开始阶段比较乱，尤其是西北方向战事紧张，川陕总督和陕甘总督时设时废，有时候并存。清朝总督明确的范围到了乾隆时代最终定型，分为直隶总督、两江总督、两广总督、湖广总督、闽浙总督、四川总督、陕甘总督、云贵总督，这个格局一直维持到清末，清末东三省建省，设立东三省总督。全国除了总督辖区外，还有些不设总督的区域，如山西、河南与山东地邻京师，只设巡抚不设总督。西藏设驻藏大臣，内外蒙古和青海是蒙旗制，东三省和新疆一直是军府制，后来改为行省制。
直隶总督管辖区域为直隶一省，但是却为疆臣领袖，因为其地处京畿，位望最为隆重。资深的总督还带大学士衔，这样就成为了正一品的高官。直隶总督早期阶段，尚有直隶巡抚牵制，但后来直隶巡抚一职被取消，总督兼理巡抚事，节制提督。有名者如李绂、李卫、刘墉、琦善、谭廷襄、曾国藩、李鸿章、袁世凯等。
两江总督辖区为江苏安徽和江西三省，地位和权势仅次于甚至不亚于直隶总督。两江管辖三省，地域广阔，且人口富庶经济发达，也是文人翰林的主要来源地，是清朝最重要的经济命脉以及文官集团来源地。两江的安全和财富直接决定了清朝的财政收入，也决定了知识分子的归附。有名者如马国柱、于成龙、黄廷贵、尹继善、裕谦、牛鉴、耆英、何桂清、曾国藩、李鸿章、曾国荃、刘坤一、张之洞、周馥、张人骏、张勋等。
两广总督管辖广东广西两省，海南当时也在广东的范围内。两广总督所辖区尤其是广东经济富庶，是仅次于两江的富庶区域，同时广西毗邻越南，也兼顾着对外防御的重任。两广的广州一直是整个清朝最重要的港口之一，一段时间内还是唯一的对外港口，相当长时间内兼顾外交重任。有名者如马尔泰、尹继善、李侍尧、孙士毅、福康安、邓廷桢、林则徐、琦善、叶名琛、曾国荃、刘坤一、张之洞、谭钟麟、鹿传霖、岑春煊等。
