果然，天京事变导致朝中无人，权力需要重新分配，洪秀全把他提拔上去，和陈玉成、李秀成等成为朝中柱石。1859年，韦俊被迫在皖地池州降清，因为杨和韦两家在天京事变中成了死仇，韦同时受他与陈玉成等人的挤兑，最后相互开打，导致韦俊降清。杨趁机占领了韦的地盘，立了功，洪秀全加封他为辅王。
此后，杨辅清一直经营安徽，阻止清兵东下皖浙，战功不小。但没有几年，安庆失陷，太平军节节败退，天京被围困时，杨也困守湖州，1864年，天京沦陷，复国无望，杨换回清朝的时髦发型，开启逃命模式。先往上海，再搭黑船远走澳门，躲了几年。杨心中还是有雄心壮志的，一直图谋光复太平天国。
几年的痛定思痛后，他效仿当年冯云山谋国之路，往落后的贫困山区发展力量。
