相比"两厂一卫"，内行厂不仅仅是皇帝消息的爪牙，内行厂的勘察范围比他们还要广，他们不仅可以查大臣，就连百姓都可以监察。而且内行厂在皇帝的授意下，对于"两厂一卫"也是在他们的监察范围内。如果"两厂一卫"里面有官员犯了一些事情，品级不是很高的话，那么内行厂甚至不用告诉皇帝，直接就可以将他们关押起来。也正是因为这一点，当时的内行厂在明朝的权利非常大。"两厂一卫"的官员看到内行厂的官员也是非常的惧怕的，生怕自己犯了什么错，被内行厂盯上了。不过他们的惧怕也不是没有理由的，那个时候内行厂只受皇帝的管理，内行厂不用听皇帝以外任何人的话，抓到人以后什么不问就会直接进行拷打。
当时的明朝的这四个机构都有不同的职责，锦衣卫负责监察所有的官民，而东厂是监察官民和锦衣卫，西厂则是为了监督东厂，而内行厂则是监察官民和厂卫，所以就这样一级比一级大，内行厂变成了权力最大的机构。皇帝对这四个机构直接领导和监督，构成了明朝独有的一套侦查特务体系。后来在正德五年的时候，大太监刘瑾倒台了，内行厂和西厂都一同被撤除。虽然说内行厂仅仅存在了五年的时间，但是却残害了不少的忠良之臣。在《明史·刑法志三》载：''得颛刑杀，擅作威福，贼杀良''。
因为刘瑾领导的内行厂，权利要比东西两厂和锦衣卫都要大，在明朝也是称霸一时，没有人敢反抗，刘瑾也借着这个权势打击同僚，压迫大臣。像王时中、汪澄这种仗义执言而且忠贞没有犯过什么错的御史，因上了弹劾刘瑾的奏折，就被内行厂给迫害死了。内行厂监督着百姓之间所有的舆论动态，全国的百姓都在他们的观察之下，所以一时之间也没有人敢说刘瑾、武宗的荒唐事。
