1861年，黄文金与谭绍光挥师东征，攻克湖州城，黄从东门入，谭从南门进，活捉清团练头目赵景贤，因功封"堵王"。此后，黄文金镇守湖州，并与左宗棠麾下大将蒋益澧、"洋枪队"、欧洲干涉军进行长期战斗，屡次击败强敌。1864年4月，太平天国战局急转直下，苏州、杭州、富阳、余杭、常州、嘉兴等相继失守，蒋益澧再次与"洋枪队"、外国干涉军、太平天国叛军联合进犯湖州，扬言清除太平天国在浙江最后基地。此战，黄文金精心准备，设置三道防线，层层阻击清军。6月，黄文金在思溪、双桥连接击败蒋益澧，并击毙其坐骑，打死打伤敌军一万余人，蒋益澧在激战中差点被活捉，清军打呼："踞湖州如故"，对黄老虎可谓是赞叹有加。7月，蒋益澧麾下水师被击败，叛徒蔡元吉只身逃命，黄文金再次获胜。
湖州保卫战期间，黄文金表现相当出色，凭借一己之力硬扛几万敌军，还打得左宗棠爱将蒋益澧毫无招架之力，战斗值可见一斑。1864年7月29年，吉字营攻破天京，幼天王洪天贵福逃往广德，随后来湖州找黄文金，试图东山再起。黄文金也算是忠臣，他一路护送幼天王去湖北寻找扶王陈得才，而后去陕西建立根据地，继续抗清。但是，黄文金太过勇猛，护送期间，不顾主帅身份经常冲杀在第一线，后在宁国被湘军抬枪击中腰肋，不治身亡。黄文金死后，这支大军没了优秀主帅，指挥混乱，连战连败，幼天王很快被俘虏。
黄文金虽已死，但清军还是不放过他，于是下令掘坟，鞭尸，史料记载："刘光明当即将尸身乱刀砍裂，首级解省呈验。臣验该逆面貌，年约五十上下，髭长而疏，齿已脱净，耳后有一黑痣。当饬枭示（杭州）武林门外。其伪印现存未毁，可取验也。"实乃残忍。
