1856年9月，"天京事变"爆发，东王杨秀清死于非命，作为东殿亲信的黄文金转投韦俊名下，成为其账下一员大将。韦俊，北王韦昌辉弟弟，太平天国著名将领，两次镇守武昌要塞，曾击毙罗泽南，差点活捉胡林翼，巅峰时期，陈玉成都是他下手。因"天京事变"之缘故，韦俊深受洪秀全猜忌，杨秀清弟弟杨辅清更是无故挑衅，经常玩"擦枪走火"之事，其处境相当艰难。为此，韦俊决定渡过长江去投靠李秀成，可陈玉成出兵拦截，封锁长江，与杨辅清共同挑起"池州兵变"，断了韦俊留在太平天国之最后希望。无奈之下，韦俊投靠清朝，并派黄文金率兵去攻打芜湖，作为"礼物"清朝。但是，黄文金半路酒醒，于是率兵杀回来，与古隆贤、刘官芳一起拿下池州，并未追随韦俊降清。
夺回池州后，黄文金处于"半独立"状态，名义上归陈玉成管，但更多是自己独立战斗，有时配合杨辅清作战，也许是两者防区靠近之缘故。1860年春，李秀成执行"围魏救赵"，率兵突袭杭州，黄文金与杨辅清率军从江西北上，攻克高淳、东坝、溧水、秣陵关，突破敌军在天京西南筑长濠。李秀成回师后，黄文金率兵大战清军，第二次摧毁"江南大营"，和春、张国梁败逃，长达三年之久的天京之围解除。紧接着，黄文金与陈玉成、李秀成、李世贤挥师东征江浙，攻克苏州、常州。同年秋，黄文金配合大军"西征武昌"，率军包围祁门曾国藩大本营，与鲍超展开激战，身受重伤。
