当然，北洋军阀分为的奉系直系和皖系三大派系，这是北洋军事集团分裂的最大派系而已，北洋军阀并非只有这三大派系。如同袁世凯时代，北洋集团分为多个面和心不和的派系一样，三大派系内部也分成了难以数计的派系。
例如，奉系张作霖内部，就分成了多个半独立的派系，曾占据山东的张宗昌，曾占据热河的汤玉麟，曾起兵反奉的李景林等等，都属于奉系，但是显然，他们对于奉系首领张作霖的命令并非100%尊重。
直系内部也分成了诸多派系，例如，山西王阎锡山，就曾投靠过直系，理论上，他也属于直系军阀的一部分，占据东南5省的"东南王"孙传芳，也是直系出身，自然也属于直系军阀。至于从头打到尾的四川诸多军阀势力，大多数投靠过直系，自然也是直系军阀的一部分。甚至包括赫赫有名的倒戈将军冯玉祥，也属于直系的组成部分。
