1914年6月时，袁世凯专门设立了大元帅统帅办事处，借机削弱段祺瑞的权力。同时，袁世凯还成立了"模范团"，以培训北洋的年轻军官，并委任儿子袁克定担任"模范团"的团长并以此为基础，重新设立了三个新式师。而这三个精锐师，都不受陆军部的统辖，由袁克定及其亲信直接指挥。而段祺瑞从来就瞧不起这个纨绔子弟袁克定，两人之间经常发生激烈的冲突和争端。
这样，段祺瑞和袁世凯的关系开始恶化，段祺瑞还没有实力直接和袁世凯掰手腕，索性一气之下回家养病去了。袁世凯乘机让王士珍代理陆军总长一职，并顺带脚的清洗了段祺瑞在陆军部的残余势力。
这样，袁世凯和段祺瑞就彻底"君臣"失和了。而且，一个最主要的原因就是段祺瑞知道，袁世凯称帝绝不会有好下场，明知死路一条，他当然不会掺和进去。
至于冯国璋嘛，他反对袁世凯的原因与段祺瑞不同，他是想自己当大总统。如果袁世凯真的当了皇帝，那他的"总统梦"就再也实现不了。
