只是，黄巢虽然在长安建立了政权，却并不稳定，黄巢最初进入长安的时候军纪严明，并下令不准骚扰百姓，但是后来，随着官员们的相继被杀，起义军中的很多人开始在长安城中杀人，即便是黄巢也制止不了。而唐僖宗到达四川后就开始了反扑，各地节度使开始组织兵力围攻长安。
黄巢一度以为唐军攻进了长安，遂离开长安到了灞上，致使唐军顺利进入长安，但是进入长安的唐军并没有想着赶紧收复长安，而是大肆劫掠，队伍不整，很快被起义军打败。而长安城中百姓帮助唐军的行为彻底激怒了黄巢，遂纵兵屠城，导致血流成河。
之后，黄巢的得力战将朱温叛变，投降了大唐，而沙陀人李克用也开始攻打起义军，最终883年的四月，李克用攻进长安，黄巢不得不离开了盘踞三年之久的长安，领着十五万起义军经蓝田进入商山。第二年的六月，黄巢兵败在逃窜路上，被外甥林言所杀，林言本欲以此将功赎罪，结果在路上又被沙陀人所杀。至此，黄巢起义结束。
