军机章京办公的地方是军机处里边几间狭小的小屋，俗称"南屋"，里边的环境可不好！十几人挤在一屋，对墙作书疾写，烛光暗淡，真有如昔日寒窗苦读的景况。
军机章京除上白班，还要和军机大臣一样轮流值夜班。夜班是两个人一晚，个个要轮到。但如果当晚有事，可以托别人替代。值宿的时候颇为凄凉寂寞，望着星月，听着漏声和更鼓，伴着灯烛等待天明，不时想起自己所干的文字差使的清苦和军国大事。
不过这项工作的清苦只是相对而言，因为身处政权中枢，经手的都是上谕、奏折等国家机要文书，因而军机章京在一般官场中人眼中是颇有权势的。许多官员都想通过他们打探官场信息，得到他们的关照。特别是一些腰缠万贯的地方官，更是以巨款买通他们作为内线。
还有一点也令军机章京身价陡增。因为事务繁重，他们按例可以不参加京察，也就是吏部对京官三年一次的考核。其奖励和升转由军机大臣根据个人情况进行保奏，平时三年奏保一次，如果遇到负责修补档案、编修方略等事情，可以在事情结束后进行特保，所以章京的提升速度较快，被当时人们视为升官的捷径。
