朱载垕上台后着手抓的第一件大事，就是"先朝政令不便者，皆以遗诏改之。" 在治道、政策、人事、奖惩标淮等带根本性的重大方面，大兴翻案之风。嘉靖朝"方士悉付法司治罪，方士悉付法司治罪。罢一切斋醮工作及例外采买。免明年天下田赋之半，及嘉靖四十三年以前逋赋。释户部主事海瑞于狱。"
这些举措，实际上是朱载垕和大臣们在嘉靖朝时期积蓄的愤懑和共识的爆发。不过有研究认为，明穆宗虽然接受过儒家的正规教育，但缺少对治国之术的实际训练，毕竟他的父亲在世时，他压根没有任何的机会得以参与这种政治活动，也就意味着国家事务可以在皇帝无能或不愿干预的情况下而继续进行。
隆庆时期，首辅大臣前后更换了4次，先后是徐阶、李春芳、高拱、张居正，除李春芳能力稍欠以外，其余三人皆是雷厉风行。而高拱、张居正原本就是裕王符旧属，与朱载垕关系更是密切。
