但到了1917年，发生了一起"黑天鹅事件"--张勋复辟，受到战争影响，清史馆被迫关门，修编工作停顿了下来。经过这次变故，清史的命运走向了不可捉摸的深渊。
清史馆再次开张后，由于内忧外患，官方大幅减少了对它的经费支持。而同时，清史馆的修编人员也因为各种原因散去大半，致使工作进度大受影响。
而且，由于此前管理工作不到位，撰稿人员的工作成果良莠不齐。有的只图混口饭吃，只出工不出力，其作品质量太差，犹如废材，只能弃用；而有的则故意拖拖拉拉，数年都没有成稿，严重影响了整体进度。
于是，从1920年开始，清史馆又开始了长达6年的统一整理史稿工作，并对前期未完成的初稿继续进行补撰。但是，受经费、人员等因素的影响，这项工作进展缓慢。
