民间传说，马新贻在安徽协办团练围剿捻军时曾被擒过，而俘虏他的就是刺马案中的主角张汶祥。张汶祥想归顺朝廷，就与马新贻义结为兄弟，并成为马新贻手下。但由于马新贻后来并没有厚待张汶祥，而还把另一位结义兄弟曹二虎之妻诱奸，又借通匪之名杀了曹二虎。张汶祥知道后，就决定杀了马新贻。
2.被湘军所杀。
众所周知，湘军是灭掉太平军的主力，但朝廷却不相信曾国藩，让马新贻出任两江总督。谁都知道两江是富庶地区，也是湘淮两军的势力范围，对于马新贻到此任职，湘淮官员心怀不满。于是湘军决定杀了马新贻。而且这一说法最多，但却没有任何证据。
3.被仇人所杀。
还有民间传说，马新贻在任上结怨很多，因此仇家想杀他。但这一说法也没有相关证据。
