堂堂的封疆大吏，一品大员，竟然在大白天被人轻松刺杀。此事在不缺故事的清朝社会中迅速传遍。朝廷上下当然也言论此事。皇帝下令江宁将军魁玉与漕运总督张之万进行会审，
经过魁玉与张之万调查后，两人最后上奏供词如下："张汶祥曾是太平军一员，后来他又暗通海盗，马新贻到任浙江巡抚时，曾捕杀南田海盗，张汶祥的同党大都被杀，他的妻子也被人掳掠。马新贻到宁波阅兵时，张汶祥递呈控拆但没有被受理，因此怀恨在心，并没有人指使他，请以大逆定罪。"
朝廷下令刑部尚书郑敦谨，与新任两江总督的曾国藩对此案进行复审，也以张汶祥暗通海盗图谋报复定罪。张汶祥被凌迟处死，并杀了他的儿子。
