虽然刺客张汶祥被处死，但关于这件案子的疑点太多，而且引起很多的关注。之所以关注，主要还是马新贻的地位太高，他既是两江总督，还是南洋通商事务、两淮盐务，统管江苏、江西、安徽三个富裕省份的军政监察大权，可以说是清末最权力的封疆大吏。民间认为这样一个有权势的人物被杀，一定得罪人了，或者另有隐情。
有人怀疑此案背后隐藏的巨大的秘密。据史料记载，太平天国的洪秀全敛财无数，曾国藩灭太平天国后，做了一件奇怪之事，居然一把火烧了天王府，洪秀全的那些巨额财富不知去向，致使人们怀疑曾国藩另有企图。
后来曾国藩被调离，与湘军没有任何关系的马新贻到任。据说是这是清朝专门制衡曾国藩的一个办法。还有人说，马新贻受到皇帝的秘旨，对湘军案进行调查。因此，此时马新贻被杀，谁听到都会怀疑。
三种不同说法
