马新贻的死既奇怪又难解，暂不说刺客为何而刺。马新贻与各种利益相连，居然后来没人细究此事，因为谁都怕受牵连。最后以"漏网发逆，复通海盗，挟嫌泄愤，刺杀总督大员"快速结案，令人奇怪。
当刺客张汶祥被凌迟挖心处死后，案情依然没有查出眉目。参加会审的马新贻部下孙依言、袁保庆，拒绝在会审文书签字画押，实际就是否定这个调查结果。此事被刑部尚书郑敦谨手理颜士璋后来在其《南行日记》记全部过程。他在日记中记述了审过程，并有"与湘军有关"、"背后大人物主使"等记载，但此书已经失传。
而《清史稿·马新贻传》则对马新贻遇刺案记载的简略模糊。因此，才造成了民间的说法多。综合起来主要有3种说法。
1.被结义兄弟杀。
