然而，在两广还真有合适的人选--万历皇帝的孙子、桂王朱由榔，桂王一系原封湖南衡州，崇祯十六年因张献忠兵祸而逃亡广西梧州。之后，朱由榔的父兄先后去世，朱由榔继承了桂王爵位，后隆武帝被俘，桂王被拥立为帝，是为永历帝，也是广义明朝的最后一位皇帝。
永历帝生性懦弱，并不能担当重任，但是他的运气颇佳。清广东提督李成栋的反正归明，掀起了一波抗清高潮，原本岌岌可危的形势得到了缓解。在李成栋反清失败后，张献忠的大西军余部孙可望、李定国等人又联合永历朝抗清，永历帝和南明又获得了喘息之机。
永历帝剧照
但是，此时的清军已经占领全国大部分领土，再加上孙可望挑起的内讧，永历政权和明朝注定不可能翻身了。1659年闰正月，永历帝和文武官员在清军的紧逼下已经退到了中缅边境，在清军的压力下，永历帝做了一个错误的决定，南明文官官员和两千多军队"尽释甲仗"，进入缅甸境内，成了毫无自主能力的流亡政权。
