燕军攻陷盱眙
1402年正月，燕王发兵南下，连克东阿、东平、汶上、兖州等地，直逼徐州城下。徐州守将闭城固守，燕军计诱敌军，一举歼灭朝廷军3000余人。三月初一，燕军舍弃徐州南下宿州。淝河一战，朝廷军再败。但朝廷军的层层抵抗迟滞了燕军的兵锋，让各路援军及时汇合。此后，燕军的处境开始微妙起来。不久，双反再次爆发小河之战和齐眉山之战。尤其是小河之战，燕军折损数员猛将，连燕王朱棣也险被朝廷军斩杀。于是，战事陷入胶着状态。这时，建文帝听信大臣言论，误以为燕军连连失利，不久后便会回师。故而，建文帝一纸诏令调回了徐辉祖。徐辉祖部撤走后，淮河前线的朝廷军顿显单薄。趁此良机，燕军再次发挥骑兵作战的机动优势，分兵抄掠朝廷军粮道。朝廷军困顿饥饿，遂开始策划突围。燕军趁势尾随追击至灵璧，俘都督平安、陈晖等37名将领，彻底扫平了朝廷在淮北的主力军。
燕军攻破应天
五月初七，燕军抵达淮水北岸的泗州，朝廷军大将盛庸率步骑数万以及战舰数千艘列阵南岸。燕军声东击西，以小舟渡至南岸，盛庸军大乱。燕军大队趁势渡过淮水，攻陷了盱眙。五月十一日，燕王召集诸将商议下一步的进行方向。众将意见不一，有的建议取凤阳，阻断朝廷北方援兵后再南下渡江；有的主张夺取淮安，再逐步推进至长江沿岸。朱棣认为无论是凤阳还是淮安都与速战速决的既定方针不符合，若拖延时日，使朝廷军沿江设备，则大事去亦。于是，朱棣遂率兵急趋扬州。燕军饮马长江，建文帝闻讯大惊，忙派使者往燕军营中请求割地议和。朱棣识破建文帝的缓兵之计，于六月初三挥师渡江。六月初九，燕军抵达龙潭，继而兵进应天。六月十三日，驻守应天金川门的谷王朱穗和李景隆开城门迎接燕王入城。建文帝见大势已去，遂引火自焚。1402年6月13日，燕王朱棣在诸王及文武群臣的簇拥下，于南京奉天殿即皇帝位。至此，历时近四年的"靖难之役"以燕王的胜利而落幕。
