石达开越战越勇，正欲乘胜追击，不料太平军内部却突然出现了内讧。无奈之下，石达开只好撤军。经过激烈的争斗，终于使太平军的后方安定了下来。但是，这次内讧过后，太平军元气大伤，在与清军的对抗中，渐渐处于了劣势。
石达开虽然有心重振太平军，但是，此时的洪秀全，已对他也有了猜忌。石达开体贴百姓，军纪严明，深受民众的爱戴。洪秀全认为石达开威望太高，已经威胁到了自己的地位。于是，他对石达开实行各种牵制。在重重掣肘下，石达开只好离开了南京，率军去安庆同清军作战。
此后，石达开在东南、西南各地不断战斗。
1863年，石达开渡河时被洪水所阻，清军看到机会后迅速出兵，将太平军重重包围。石达开见无法突围，为了让部下活下来，他甘愿献出自己的性命。但是，清军没有信守承诺，还是残忍地杀害了他的部下。最终，清廷决定凌迟处死石达开，以儆效尤。
