可以说，正是因为明教雄厚的宗教基础，很多农民起义都会将其用作组织群众的工具。诸如五代十国时期母乙发动的起义，以及两宋时期出现的方腊起义，均是以明教作为联系纽带。甚至，在明教传入唐朝后不久，便传入了回鹘，更是被后者尊为了"国教"。
而唐廷对明教的态度，则随着两国的政治关系不断变化着。安史之乱后，因回鹘助唐平乱有功，故摩尼教在唐朝得以大肆传播，两国关系就此升温。据《旧唐书》记载：回鹘宰相曾下令五百七十余摩尼教徒亲自迎接公主，可见，明教徒势力早已延伸至两国政治领域。
会昌元年，回鹘被黠戛斯击败。国势衰亡之际，唐廷对明教的态度又即刻发生了巨大的转变。根据《会昌一品集》记载：会昌三年，唐朝廷突改态度，下令关闭修建于江淮各地的摩尼寺。《入唐求法巡礼行记》也对此事做了记载，即：会昌三年四月，唐武宗下令诛杀天下摩尼僧人，长安城七十余位摩尼师皆死于此劫。另一方面，因朝廷禁止明教在华传播，中原明教组织便渐渐与西域摩尼教总教失去了联系。
唐朝灭亡后，一些信奉明教的读书人又修建了许多明教寺庙，譬如：建于福建泉州华表山的麓草庵，这也是目前中国仅存的一座明教寺庙。
