在孙承宗与袁崇焕的布防下，四年来一大批重要武将充实到边防。"自承宗出镇，关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。"孙承宗赴任后首先整顿军纪，其次是修筑关城以及核查钱粮，颇有成效 。此后的袁崇焕一战成名的"宁远之战"就是建立在孙承宗打下来的重要基础之上。
然而随着大明宫中的宦官魏忠贤的权势越来越大，朱由校本人也成了他们的傀儡，躲在后宫专心做起木匠活。因此孙承宗对魏忠贤未能进行依附，最后成了魏忠贤等人的眼中钉，加之彼此倾轧的其他人物，都让孙承宗寸步难行。天启五年（1625）八月，在发生柳河之役失利后，最终导致阉党集团向其发难借口，弹劾孙承宗，由此导致孙承宗第一次被罢职回乡养病。但是具体细节又有许多语焉不详，所以这段历史的真相还需要进一步研究讨论。
至此，大明王朝因为这种内耗争错过了一次重要巩固后方的机会，也导致了孙承宗后续的人生悲剧。此后早前一切谋划和经营化为泡影，辽东局势也因此迅速恶化。不久，崇祯继位，袁崇焕受到重用，遗憾的是，却未能将孙承宗的战略推进下去，错失了一次重要的历史机遇。
