孙承宗却在出关后对魏忠贤"仅具杯茗而已，不与交一言，忠贤由是大憾。"这也为孙承宗罢职埋下伏笔。无论是谁，心底都不愿意与宦官过度来往，但是，如果仅仅靠这一句话推测孙承宗与魏忠贤关系冷淡到这种地步，似乎也不可理解，没有无缘无故的恨，同样也适用于二人。遗憾的是由于缺乏权威资料，我们只能对此一笔带过。如果这些不算什么，但重要的是宦官却掌控大明，这是一种无法避免的深重灾难和矛盾，为后续的一些事件埋下伏笔。
不久，当孙承宗对宁远形势进行实地踏察后，总结出"遥见宁远形势，天设重关，以护神京，必不可不守。"因此提出了整体防护和修筑措施的构想。
王再晋被免去辽东经略后，孙承宗主动要求出任该职，他豪迈地说："经略去矣，代者且将奈何？与其以天下之大付之不可知之人，不如以天下之大付之不可知之我。"在他的推荐下，更换了辽东巡抚，并将袁崇焕和祖大寿一批重要将领予以提升或是转任到更为重要的位置。这种安排，显然也存在某种意图的穿插自己信任的将领，对于快速推进战略，是一种不得不做的基础。
