团练大臣和地方官不闹矛盾才怪呢。1853年，帮办江苏山阳县的团练大臣丁晏以乱用职权的罪名被发往军台效力，实际上等于流放边疆。1854年，广西提督对本省的团练大臣龙启瑞和朱琦二人也很有意见，就向朝廷告状，说二人利用权力作威作福，尽管事情的真相并不能只听取一方的意见就可以下结论，但从中可以看出，地方官与团练大臣之间的矛盾是赤裸裸的。
为何团练大臣屡屡招致地方官不满呢？说白了，一是因为钱，二是因为权。
钱的方面，各地团练大臣练兵的费用多是地方政府拨的，按理说，团练经费应该自筹，地方官自然不想将钱白白浪费在本不该他们支付的地方。
权的方面，团练大臣的军事权力时常与地方官相冲突，在地方防务问题上他们意见多有不同，更要命的是，许多团练在太平军进攻时并没有奋勇迎敌，而是弃城逃跑。如1853年1月，江西九江团练就在战前带领家人逃跑。这就是清政府专门选拔出来的团练大臣吗？太不靠谱了。地方官觉得自己是个冤大头，我给你出钱，你还不保护我，那我干嘛还要支持你呢？
