按照最初筹划，朝廷从各地厘金、关税、户部、府库等处，为组建海军筹款。可每年款项常常不足。朝廷也没办法。沈葆桢出于大局考虑，同意将南洋经费全部划拨北洋。这才有了后来的北洋海军。
但是，南洋也需要经费。随着北洋逐渐走上轨道，沈葆桢便向朝廷上折，要回属于南洋的那部分经费。按照沈葆桢的说法，自己不能为了博得推让的美名，让继任者没有经费使用。
正是在沈葆桢手中，清朝有了南洋海军，南洋海防走上正轨。而且，沈葆桢对轮船招商局也有重大贡献，还送出一批奔赴英、美留学的学生。这些人中，便由后来的詹天佑、严复等人。可谓薪火相传。光绪五年，沈葆桢在南京病逝，享年60岁。
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