而在咸丰六年，沈葆桢到江西上饶担任知府后不久，就遇到太平天国攻打江西的事情。上饶遭到围攻。沈葆桢正外出征办军饷事务。
上饶城内乱作一团，幸好沈葆桢的妻子，也就是林则徐林普晴，颇有名门风范，遇事不急不躁，一面安抚城内百姓，一面向就近驻扎的清军求援。沈葆桢受到情报后，立刻赶回，跟援军一起，解上饶城之围。
沈葆桢很快就因为有功得到升迁。后来又得到曾国藩推荐，任江西巡抚。但仅过三年，因母亲去世，沈葆桢离开官场，回到家乡，为母亲守孝。这是当时的规制，曾国藩在父母去世的时候，也是回家守孝。而且，沈葆桢跟母亲感情极深。子欲养而亲不在。
