初平二年（191年），依附在袁术麾下的孙坚受命征讨荆州，而刘表派遣黄祖在樊城、邓县之间迎战，当年的孙坚军，是诸侯联军中为数不多能够大破董卓的队伍，黄祖怎么可能是他的对手？
溃不成军，樊城丢失后，孙坚军队一路追赶，渡过汉水，来到襄阳，刘表关闭城门，坚守不出，而黄祖在外召集士兵，再次和孙坚大战，然而黄祖又一次失败，只能向岘山逃去，好在黄祖的部下，在竹林当中，射杀了贪功轻进的孙坚，这才化解了江东的危机，然而黄祖和孙家的仇，也就自然而然结下。
此后黄祖镇守江夏，成为荆州的门户所在之地，在孙策平定江东之后，急于发展势力的他们，自然将目光，算到了荆州和自己有世仇的皇族身上，于是，艰苦的拉锯战开始了，建安4年（199年），孙策率军讨伐黄祖于沙羡，黄祖大败，退入城池坚守不出，随后不久孙策军因为粮草不济而退去。
建安八年，孙权讨伐黄祖，击破了黄祖的舰队，却无法攻破江夏城，从而返回，到了206年，曹操已经统一北方大部分地区，随即派遣张辽进攻江夏，黄祖迎战不能取胜，但是先后有两个县成为了曹操的势力。
等到207年，孙权再次发动西征，黄祖又双叒叕一次输了战争，孙权俘虏了部分百姓，随后班师。
