这场复辟闹剧很快收场，不论张勋和王士珍怎么闹腾，仅仅12天，段祺瑞就又重新当上了国务总理，王士珍想灰溜溜地走人，不料段祺瑞不但不谴责其有罪，反而说他维护治安有功（治安维持的是真好），竭力挽留，于是出现了"北洋三杰"同台的一幕：冯国璋任总统，段祺瑞任国务总理，王士珍任陆军总长。
然而，上头少了一个袁世凯压着，三人是怎么也回不到当初的，段祺瑞和冯国璋针锋相对，气的总统离职。冯国璋想拉上王士珍跟段祺瑞斗一斗，就免了段祺瑞的总理一职，让王士珍接任。
段祺瑞哪是善罢甘休的人，时常派人在机关报上大骂王士珍，还阻止倒阁行动。王士珍不愿经受这些风波，最终在1918年2月20日借病请辞。
从此王士珍心灰意冷，告别政坛，时常担任和事佬，后来发生的直皖战争和直奉战争，他也从中调停。另外王士珍在军界多年，各方都比较信任他，不论是直皖战争、直奉战争还是北伐军进攻北京时，都是他组织治安维持会，尽心竭力地维护社会秩序，使北京免遭战争的灾难，因此受到民众钦佩，之后他还多次为北京慈善事业摇旗呐喊。
1930年7月10日，王士珍因肠癌而在北京去世，享年70岁。
