段祺瑞这是搬起石头砸自己的脚，因为统率办事处的成立，显然是对着他这个陆军部长来的，这使得他十分不满，直接向袁世凯提出辞职。袁世凯还真想换人，预备人选是蔡锷，不过当他向王士珍咨询时，王士珍否决了蔡锷，袁世凯就不提这档子事了，让王士珍代理陆军总长一职。
王士珍虽然忠于清室，但并不傻，当袁世凯想要称帝的时候，他并没有表现出明显的支持，当然，他也没有像段祺瑞等人一样明确反对，官场老狐狸一向滑溜。
袁世凯死后，段祺瑞成了风云人物，但王士珍也是北京政府举足轻重的大员，出任陆军总长兼参谋总长兼京畿卫戍司令，这给了张勋一个机会。
张勋的辫子军不过五千兵力，为何能够打进北京？原因就是负责北京守卫的王士珍下令打开城门，放辫子军入城，然后跟张勋一起把溥仪抬了出来，宣布清帝复辟。
