宋仁宗年间，他先后做过将作监丞（主管土木营建的副职）、通判淄州、太常丞、监管左藏库（国库之一）、开封府推官、三司度支判官等职。无论做什么官，韩琦都处之泰然。
1036年，韩琦被任命为右司谏。在当谏官的三年中，他敢于直谏，每次上奏都是将察明得失、端正纲纪、亲近忠诚正直、疏远邪恶奸佞作为重要内容，前前后后共上奏七十余次。1038年，因发生灾异，出现大量流民，而当朝宰相王随、陈尧佐及参知政事韩亿、石中立却无所作为，韩琦遂上书指出他们的庸碌，痛陈宋朝八十年太平基业绝不能"坐付庸臣恣其毁坏"，结果四人在同一天被免职。自此，韩琦名动京师。
时任宰相的王曾很少称赞他人，但他却对韩琦说，他的上奏"可以说是切中时弊而又不迂腐"，韩琦听罢更为自信。
1039年，因四川益州、利州发生饥荒，韩琦出任体量安抚使。他上任后，减免税赋，驱逐不称职的官吏和贪婪残暴的官，减少数百种劳役，救活饥民190万。当地百姓无不感激地说："使者（指韩琦）之来，更生我也。"
从四川回到京师后，韩琦因熟悉西北军队情况，而被任命为陕西安抚使，以应对原本臣服于宋、后建立西夏的李元昊的叛乱。他到陕西后，为战败被俘的守将刘平等辩白，同时推荐因"荐引朋党"罪名而被贬至越州（今浙江绍兴）的范仲淹御敌。此后，他与范仲淹同被任命为秦凤经略安抚使、招讨使。
