成化初年，于谦的儿子被赦免，他上疏为父申冤，这才得以恢复于谦的官职和赐祭。皇帝的诰文里说："当国家多难的时候，保卫社稷使其没有危险，独自坚持公道，被权臣奸臣共同嫉妒。先帝在时已经知道他的冤，而朕实在怜惜他的忠诚。"
这诰文在全国各地传颂。弘治二年，采纳了给事中孙需的意见，赠给于谦特进光禄大夫、柱国、太傅，谥号肃愍，赐在墓建祠堂，题为"旌功"，由地方有关部门年节拜祭。
万历中，改谥为忠肃。杭州、河南、山西都是历代奉拜祭祀不止。其实于谦并不需要皇帝的所谓嘉奖，因为这些所谓的天子似乎并没有评价于谦的资格，明英宗之前有过无数的皇帝，在他之后还会有很多，而于谦是独一无二的。
