就在没有多久，朱元璋又以扩充军队人员为由，让沈万三给他出些钱。沈万三这才知道朱元璋这基本就算土匪了。经过朱元璋几次敲诈他，竟然没有伤到沈万三的筋骨。朱元璋这才明白真的是小看他了。就在当朱元璋坐上皇帝以后，要求沈万三必须每年上缴上千两的黄金白银，还要他出资修军队用房几百间，除此，还要在他的每亩田地上增加税收，朱元璋这样是想让沈万三倾家荡产的节奏，没想到沈万三一口答应了。拿了沈万三的钱但却更加的嫉恨他，朱元璋难以消气，我这个皇帝竟然还得求一个小商人，朱元璋这是就有想杀他的念头了。
沈万三的下场在民间是有两个的，一个是朱元璋把沈万三的聚宝盆占为己有了，没有要了沈万三的命，但是将他发配到云南，永远不许他回来。 还有一种说法就是，朱元璋没有找到他的聚宝盆，朱元璋恼羞成怒，把沈万三埋在了城门下边。
