另外，在瘟疫流行期间古代人还用药物消毒的方法来预防疾病的感染和传播。据秦代出土的竹简记载，凡来秦国入城的宾客入城时，其乘车和马具要经过火燎烟熏以消毒防疫。宋代还用艾蒿等药物驱赶蚊虫以防止瘟疫。
两千多年前成书的《黄帝内经素问》以对话的形式讲述了很多预防疾病的常识和方法。
唐朝的太医院相当于国立医院，设有医学、针灸、按摩等学科，另外还有地方的医学教育机构培养医生和防疫人员。当时还把瘟疫的预防知识和简单的药方刻录在石板上，放置于病坊、村坊和路边，以示民众，供紧急情况时使用。
南宋时期中国创办了最早的官立医科学校，培养各科医生。
各朝代都对以前的医学药学书籍进行过整理和研究。秦朝下令焚书时，医药书籍例外，保存了下来。
