建文帝也就在位四年，没有发挥出能力，就被朱棣篡了皇位。朱棣也是位勤政的皇帝，但他也感到心有余而力不足，于是他改革优化内阁。然而祖训不能违，朱棣设置的内阁成员，可以参与议论朝政，但权力不大，并且他们的地位也只有五品的大小。也就是说此时内阁成员也就是秘书的身份，皇帝是最终的决策人，尚书六部拥有行政权。
按照朱棣的构想，内阁官小势微，只能兢兢业业地工作，也容易控制。然而事实并没想象的那样简单，内阁一旦设立，便迅速发展起来，并逐步发展出票拟的职权。票拟就是内阁学士在贴纸上写上处理意见，供皇帝参考。而内阁内部成员等级也出现了分化，内阁首辅开始出现。
明朝政治制度
同时皇帝们并非都像朱元璋、朱棣父子一样勤政，除了年幼，他们中也有懒散的，所以朝政大局也就落在内阁首辅的手中。明宣宗时期，三杨辅政，但内阁首辅官品太低，所以让三杨兼职尚书，提高他们的身份。
明世宗时期，内阁权力再度膨胀，首辅夏言、严嵩等人权势熏天，除了没有宰相的名号外，他们实权已达到宰相的地位。甚至后来张居正出任内阁首辅，跟皇帝没有两样。这让朱元璋、朱棣设置内阁之初，万万没想到。
(参阅资料《明史》、《中国古代官制》)
