恭亲王亲自为李鸿章辩解说，"倘若不把诸王立即斩首，则不仅苏州内的清军将被杀的一个不留，而且此等贼酋部下的大批士卒，仍旧留在逆贼行列中，斯后更大规模的屠杀，势将不可避免"。简短说就是，清军太少了，只有2-3万人，如果太平军翻脸具备一举杀光城内清军的实力。
而且到1863年，清军已经不在乎收编太平军降军，甚至，降将骆国忠投降清军，屡建战功，李鸿章请朝廷封其为副将，都遭到清朝朝廷屡次拒绝，认为封赏太多了，会让清军自己的将领心存不满。
同时，李鸿章认为苏州太平军都是李秀成主力，桀骜不驯，在李鸿章大船旁边，投降的太平军还是疾驰而过，穿越城门发出一阵"狂悖的欢呼"，吸引来更多太平军耀武扬威的欢呼，程学启在巡逻当中，也遇到过太平军俘虏放枪高喊。
因此，清朝和李鸿章认为苏州太平军难以驯服，一旦释放回去，就是大患，应该全部处决。曾国藩更是表示："既谋诛灭，断无以多杀为悔之理"。虽然，英国人常胜军司令戈登表示非常不满，李鸿章只是说这些洋人都是妇人之仁，不懂得，知此中权衡自有一定之理。
