陈奉在湖广期间，残害百姓，扰乱地方，侵夺仓储，苛责官吏，无恶不作，给湖广人民造成了极大的灾难。据史书记载，他在湖广两年，所得金银约数十万，这还不包括珍宝奇物。陈奉善于抓神宗贪财的弱点，不时地送一些银两到内库，数目字也越来越大。明神宗见陈奉能弄来银两，也就不再追究他的事情，以致弹劾陈奉的奏章要么被内府司礼监扣压不报，要么被神宗置之不理。但是，武昌这场声势浩大的民变却震动了朝野，这不能不使朝中的大臣以及神宗三思。
阁臣沈一贯、给事中姚文蔚等人上疏请求把陈奉撒回京中。适逢此时，陈奉因在水路阻截商船，与奉命督理湖口船税的御马监监丞李道方发生矛盾。李道方上奏神宗，说陈奉横行霸道，敲诈勒索，怨声载道。并特意指出陈奉将所得税额的三分之一装进了自己的腰包。对祸国殃民的陈奉不管不问的明神宗，见陈奉竟敢把应解送内库的金银贪为己有，不禁大怒。下旨押陈奉回京处分。陈奉被押回京城后，给事中陈维春、郭如星再次揭发他的罪行。陈奉被降杂职，凄惨死去，结束了他罪恶的一生。
