万历二十七年八月，陈奉由武昌至荆州，带了几十个护卫。荆州商民得知这个消息后，就聚集了数千人，埋伏在武昌到荆州的必经之路，等到陈奉的大轿经过，齐声喊打，陈奉吓得不知所措，赶快派人去荆州府搬救兵。荆州府官员赶到后奋力护卫，殚力防护，才使陈奉勉强脱险。
万历二十九年三月，武昌再次民变。当时冯应京被押赴北京，商民念及他为官清正、替民请命、受诬被捕，纷聚集道路，依依不舍，哭而送之。陈奉见此情景，恼羞成怒，率骑兵三百，屠杀为冯应京送行的百姓，有五人被活活杀死，二十余人受重伤。屠杀激怒了武昌全城居民，他们手持砖瓦棍棒，与陈奉展开了激烈的战斗，到处都是愤怒的群众，屋上墙上都有格斗的身影。陈奉抵挡不住，败回税署，把大门紧闭。商民把税署包围的结结实实，奋力往里冲去。陈奉无奈，只得向地方官府求援。湖广巡抚支可大赶到，劝说商民。百姓不为所动，但也不再进攻，只是手拿砖棍棒围在税署外面。陈奉得到喘息的机会，就让人把税署大门烧掉，大火一起，人群顿时混乱一片，陈奉趁机冲出税署，逃往楚王府中躲藏起来。陈奉在楚王府中，躲了一个多月不敢出来。商民抓不到陈奉，便把他手下的最可恶的耿文登等十六个人抓住，痛打以后投入江中，活活淹死。由于巡抚支可大一向偏袒陈奉，人们又拥入抚署，烧了抚署的辕门。
