两江总督何桂清是唯一一个临阵脱逃的总督级官吏，他自1857年担任两江总督，就一直与太平军作战。可惜的是，这位封疆大吏却并没有指挥作战的能力，在围攻太平军的战役中，何桂清在关键时候临阵脱逃，最终造成了清军江南大营为太平军攻破。常州、杭州的失陷，何桂清犯有不可饶恕的罪过。慈禧太后和恭亲王在洞察了他的罪名之后，遂将其逮捕处死。故而，何桂清也成为了清军镇压太平天国战役中唯一一个被自己人处死的总督级官吏。
总督之下，清军阵亡巡抚有六位，他们分别是湖北巡抚常大淳、罗尊殿、安徽巡抚江忠源、江苏巡抚吉尔杭阿、徐有壬和浙江巡抚王有龄。这六位巡抚官吏中，尤以安徽巡抚江忠源最为出名。
江忠源和曾国藩是湘军的创始人，此人在湘军兵勇刚刚组建的时候就与清军作战。在蓑衣渡战役中，江忠源指挥湘军一炮击杀了太平军的南王冯云山，因为蓑衣渡之战，江忠源后来也受到了咸丰皇帝的嘉奖。1854年，江忠源受命镇守庐州，当时，他正担任安徽巡抚。这一年，由杨秀清指挥的太平天国西征军包围庐州，江忠源在孤立无援下投水自杀。
