从政治方面看，明代南京作为仅次于北京的第二都城，一直以来都备受统治者的重视。南京除了没有皇帝和内阁外，其他的机构设置、官员级别与北京几乎完全相同，近似于中央政府的一个备份。南京作为南方的政治中心，在维护南方政局稳定方面起到了重要作用。也正因此，在以李自成为代表的农民起义军进攻北京之时，崇祯皇帝屡有南迁之意，并得到了部分大臣的支持，然而朝中更多大臣的反对使此举不行。后有大臣建议太子赴江南抚军，然而遭到兵科给事中光时亨的反对，也使得太子赴南京监国之事不可行。
在崇祯皇帝自杀殉国、群龙无首的时期，正是由于留都南京有六部、都察院等一整套的国家机构的存在，南京官员仅在一个月之内，就迅速组建了以福王朱由崧为首的新政权。由此可见南京作为留都的重要性。如果崇祯皇帝南迁之意可行，或派太子赴南京监国，结果犹未可知。虽然南明政权由于上层争权夺势、官员内部倾轧、外部军事失策等原因最终覆亡，但仍延续了明朝国祚十八年之久。总之，南京留都和南京六部等机构的设置，在维护政权稳定方面起到了十分关键的作用。
从经济方面看，明代南方特别是江南地区一直都是中央的财赋重地。南京户部负责征收南直隶及附近各省的钱粮赋税，并将其运送北京，可以说是掌握了明代中央政权的经济命脉，对于全国的政权运行、经济发展都起到了稳定作用。
从军事方面看，南京兵部执掌南京及南直隶地区附近的军事力量，负责南京地区的守备和附近地区的军事任务，在维护南方军事稳定方面也起到了重要作用，尤其体现在平定宁王朱宸濠叛乱和支援东南沿海的抗倭战争中。
因此，在明成祖朱棣迁都北京之后，以南京为留都，并且在南京仍旧保留了六部等机构。在幅员辽阔而信息传递相对不发达的明代，南京六部等机构的设置，在维护南方政权稳定方面起到了持久而又重要的作用。南京六部级别高，权责重，远非官员养老之所或谪贬之处，其中南京户部和南京兵部尤为重要，此外南京工部、吏部、刑部、礼部也各有执掌。南京六部的作用主要体现政治、经济和军事三个方面，维护了南方政权稳定，保证了全国的财政税收高效运行。
