南京兵部
除南京户部外，南京兵部也是职责重要、权力重大的部门。南京兵部的职权可以分为军事、行政、后勤保障三类。南京兵部最重要的职权是军事职权，主要负责南京及附近地区的军事守备。南京兵部的行政职权，指的是负责南京地区军事官员的考核、任用、裁撤，以及负责南京地区的武学和武举等。南京兵部的后勤保障职权，主要指的是管理南京地区的官船、官马、驿站等。此外，从明代中期开始，南京兵部尚书兼任南京"参赞机务"形成定例，南京兵部尚书会同南京守备太监与守备勋臣共同负责南京及其附近地区的全部机务。因此，南京兵部尚书成为南京及南直隶地区掌控军政大权的要员。南京兵部尚书乔宇在平定宁王朱宸濠叛乱和支援东南抗倭战争中起到了重要作用。明代著名哲学家、军事家王阳明也曾担任南京兵部尚书。
南京工部
主要负责南京及南直隶地区的工程营造工作。南京工部的首要职责是掌管南京城墙、南京皇城、各部司衙门、陵庙坛寺的修缮工作，特别是明孝陵、盱眙明祖陵、凤阳明皇陵的葺缮工程。南京工部还负责南京地区军器、陶器制造，南京桥梁、水洞、街道的修葺，并兼理织造、船造等事务。此外，南京工部还负责铸造南京户部刷印盐引勘合的铜版。
