有明一代，绝大多数时期内实行的是两京制。明太祖朱元璋定都应天府，即南京。明成祖朱棣于永乐十九年(1421)迁都顺天府，即北京，以应天府南京为留都，合称"二京府"。
明成祖朱棣迁都北京后，仍然在南京保留了六部的设置，即户部、兵部、工部、吏部、刑部、礼部，但是南京六部在行文之时，前面要加"南京"二字，以示与北京六部的区别。此外在南京也保留了都察院、通政使司、五军都督府、翰林院、国子监等机构。这些机构官员的级别同北京相同，但是权力却小于北京，通常会受到北京机构的监督和制约。细究之下，明代南京机构并非全然无关紧要的设置，因此，有必要重新审视南京六部的作用与历史地位，并给予其应有的评价。
明代南京六部的官员级别与北京六部完全相同。各部设有尚书一人，为正二品，左、右侍郎各一人，为正三品。此外，各部还设有各清吏司，负责本部具体事务，并设郎中、员外郎、主事等。
南京六部的管辖范围主要集中在南直隶地区及附近相关各省。南京所在的南直隶地区，相当于今天的江苏、安徽、上海两省一市之地，南直隶地区的全部事务都由南京六部负责。此外，南直隶附近相关各省的某些事务，也由南京六部负责。其中南京户部和南京兵部的权责尤为重要。
