全球真菌种类当前被发现的大约有12万种，这仅仅相当于在自然界中全部真菌的九牛一毛，生物学家预测其种类大约相当于植物的10倍之多，真菌在生物学上分5个亚门，即鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门，其中一少部分子囊菌亚门和全部的担子菌亚门属于高等真菌，包括对人体有益和有害的蘑菇大家族，半知菌亚门中有一部分是对人体、农业、畜牧业及林业造成病害的病原菌。
真菌在进化路线上独辟路径，演化出来独特的一支生物家族，在起源问题上学术界没有确切的定论，主要有2种存在争议的理论，一种是认为菌类起源于藻类，另一种是起源于鞭毛生物（原始水生物）论，科学家认为演化的历程可能不低于15亿年，从分子生物学上看，中科院微生物研究所通过对真菌界的5个亚门生物代表样本进行了核酸测序，从而提供了真菌界生物由一个共同祖先演化而来的分子证据。