蘑菇在进化的进程中演化出了形形色色的有毒种类，这无疑产生了一个让人不解的疑问，蘑菇为什么会进化出了毒素呢？有些生物学家的理论认为是蘑菇生存需要的策略，用来提高自己的生存能力，防止被天敌食用。
这种理论很可能站不住脚，曾有生物学家做实验，将5种蘑菇放在一起，其中有一种是毒蘑菇，然后请来了一位软体动物"食客"蛞蝓，这位"食客"比较怪异，最后偏偏选择了毒蘑菇作为午餐，这说明对人类有毒的物质并不意味着对其它动物有害，所以这个理论是站不住脚的。
除了毒蘑菇之外，还有些蘑菇含有对人类有药用价值的物质，比如一些寄生菌类，它们寄生在动物（昆虫）体内，让动物慢慢死后它们的子实体开始长大突破动物的尸体，比如冬虫夏草就是这类真菌。虫草菌内含有的虫草素对一些肿瘤细胞有抑制和抵抗能力，显然在医学上可能存在着重大突破口。