于是，刘秀拜寇恂为河内太守，行大将军事，又在北行之前对他嘱咐道："河内完富，吾将因是而起。昔高祖留萧何镇关中，吾今委公以河内，坚守转运，给足军粮，率厉士马，防遏它兵，勿令北度而已。"
如果说邓禹相当于张良，冯异、耿弇相当于韩信，吴汉相当于周勃、铫期相当于樊哙、贾复相当于曹参，那么他差不多相当于刘秀的半个萧何了。刘秀大军北上后后，寇恂招兵买马，发展生产，并派人去淇园伐竹，赶制了百余万支箭矢，另养马两千匹，收粮赋四百万斛，运往河北、关中等战场。为了提高输送军资的效率，寇恂在输送工具上也很是下了一番功夫，他采取了辇车（独轮车）与骊驾（几匹马并行的大车）灵活相结合的方式，小路用辇车，大路用骊驾，各显神通，前后不绝，有力的保障了刘秀几路大军远征的后勤补给。与此同时，寇恂还积极练兵，使河内的武装力量也日渐强大，后来居然能和冯异合兵打败了妄想渡河的更始大将朱鲔，跑到洛阳城下去耀武扬威。
过了几个月，刘秀登基后，想要亲自带兵去攻打洛阳，寇恂也请求跟着去，刘秀不同意，说"河内未可离也。"寇恂请求了好几次，很坚决，但都被刘秀更坚决拒绝，寇恂只得还是学习萧何，把侄子、外甥送到前线，跟着刘秀打仗。刘秀大喜，果然是寇恂，觉悟就是高，于是将寇氏子侄都拜为偏将军，心里也对镇守后方的寇恂愈发放心了。
次年刘秀拿下中原后，河内终于不算是大后方，寇恂遂转任颍川太守，继续积极发展农业，收得豆粮十万石，以给诸营。《后汉书》记载，寇恂一生明习经术，修身养德，名重朝廷，深孚众望，虽有高官厚禄，却往往将其所得秩奉，皆厚施于亲友故旧与从征将士，表示："吾因士大夫以致此，其可独享之乎！"其长者风范至此。这显然是个有宰相才器之人，只可惜刘秀不欲以功臣执政，故始终也只让他当个太守执掌地方，最高做到执金吾，算是屈才了。
不过寇恂的家族后代还颇为争气，其以军功封列侯者凡8人，也算是个名将世家了。
