这时，刘文静的家里发生了几次怪异的事情，刘文起很忧虑，于是召来巫师在夜间披头散发，口叼宝刀，施法除妖。刘文静的小妾失宠，让哥哥向李渊告发刘文静谋反，于是朝廷将刘文静下狱问罪。
李渊派裴寂、萧瑀审讯刘文静一案，刘文静坦诚直言道："当初在大将军府，我当司马，裴寂当长史，职位略等。如今寂裴寂为尚书仆射（宰相之一，地位大于纳言），住一等豪宅，恩赐不绝。臣职位比他低，赏赐也比他少，确实有不满之心。"
李渊说："刘文静此言，谋反之意很明显了。"萧瑀、李纲等大臣证明刘文静不反；秦王李世民也认为刘文静有大功，不低于裴寂，如今受到的待遇不相等，所以不满，不是要谋反，应该赦免。
李渊向来疏远忌惮刘文静，而裴寂又说："刘文静狡诈多谋，性情猜忌险恶，如今他的恶性已近暴露，如今天下还不太平，恐怕他会成为后患。"李渊于是处死了刘文静。刘文静临刑前，气愤地摸着胸口说："飞鸟尽，良弓藏，果然不是妄言！"
