万历本人因少年生活的波折而带来的变态心理，使他无法恰当的处理后宫的关系，郑贵妃干预太子问题而引发的明末三大案，便是他在此方面无能的表现。
后宫的混乱为宦官干政创造了条件。由于皇帝长期不理朝政，在太子问题上险些违反祖制，导致他与官僚集团的矛盾不可调和，一部分官僚索性组成不同的集团，为着类似这样的事情的是非而争论不休。后宫混乱，宦官干政，官僚争权，这为明朝政治的总崩溃埋下了祸根。
因此，尽管都是昏君，但嘉靖是幸运的，而万历是不幸的。
历史允许嘉靖怠政，但当万历也如法炮制之后，历史便抛弃了明王朝。到最后烂摊子交到崇祯手上，纵使崇祯有心重振旗鼓，但却是回天无力。
