文字狱中国文字狱的先河，是朱元璋开启的。朱元璋制造的文字狱案十分多，比较著名的有南北榜案、高启案、宋濂案等。朱元璋之后，文字狱也时常兴起。明初许多视"学而优则仕"为升迁正途的儒生从此不愿入朝为官，害怕祸及自身。比如有的士人奉召编书，总是尽力推诿，实在推不掉则一旦完稿就立即返回，甚至有人"多诈死，佯狂，求解职事"。即使做官的也慑于皇权淫威，苟且因循，无所作为。一百年来，学问文章，不能上追唐宋，下及晚明。"
毁灭天下书院中国历史上有四次大规模毁灭的书院的事件，有意思的是，四次都是在明朝。明朝为了让官学垄断，严厉打击私学，书院也是被打击的对象之一。明朝虽然出现了许多书院，但是没有出学术发达的书院。四次毁天下书院分别是：嘉靖十六年（1537年），毁灭著名教育家御史湛若水创造的书院，第二次是嘉靖十七年（1538年），听从严嵩的命令，"申毁天下书院"，第三次是张居正毁灭天下书院，当时确曾被毁的书院有成都大益书院等十六所；有些书院是名毁实存，仍以各种方式保存下来；第四次禁毁书院是天启五年（1625年）的魏忠贤禁毁东林书院，进而殃及其他书院。
控制思想有人说明朝是一个思想相对自由的时代。其实不然，明朝的正统思想是理学，如果想挑战理学，那就是"异端"。明朝后期出现了一些"异端"思想家，如李贽，他被关押到了大牢中处死，著作被烧毁。明朝灭亡后，黄宗羲、顾炎武、王夫子等明朝遗老虽然经常写文章骂清朝，但是康熙却邀请他们修书，讲学，这样才出现了对传统思想的批判。如果黄宗羲等生活在明朝初期，说着"天下非一人之天下"的话，估计早就被朱元璋灭族了。
八股取士中国实行八股取士是从明朝开始的。明初，朱元璋格外重视对人才的网罗，但作为一个出身寒微的帝王，朱元璋又希望能对臣子拥有足够的驾驭和约束能力。所以在选拔官员的科举考试中，他采取固定统一格律，行文以《四书》、《五经》为题，不允许考生有自己的思想，答题也只是代古人立言，试图通过推行这种考试方法，将天下知识分子的思想集于一统，从而让自己的江山能够永固。因此八股文在明初方始出现，它是由朱元璋首创的。八股取士出现后，就说明科举考试走向了僵化。
易中天在他的著作《帝国的惆怅》中说："在我看来，自称日月双悬的'明'，乃是中国历史上最黑暗和最沉闷的朝代。"其实我们从明朝百姓的口中就能够得到信息。朱元璋自称"驱除胡虏，恢复中华"，然而元朝灭亡后，人们更加思念元朝，因为明朝时候的农民并没有元朝过得好。难怪在朱元璋时代流传民谣"说凤阳 道凤阳，凤阳本是好地方。自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大户人家改行业，小户人家卖儿郎。奴家没有儿郎卖，身背着花鼓走他乡。"
